Universitatea de Stat din Moldova este acreditată în calitate de organizaţie din sfera ştiinţei şi inovării cu toate drepturile aferente pentru a realiza activităţi de cercetare, inovare şi transfer tehnologic la următoarele profiluri de cercetare :

1. Ştiinţe matematice: aspecte teoretice şi aplicative.

2. Probleme actuale în domeniul informaticii şi al ştiinţelor economice.

3. Fizica şi ingineria materialelor, nanostructurilor şi a dispozitivelor.

4. Chimia materialelor şi tehnologii nonpoluante.

5. Biodiversitatea şi utilizarea raţională a bioresurselor în asigurarea securităţii biologice.

6. Lingvistica teoretică şi aplicativă; istoria şi teoria literaturii.

7. Unitate şi diversitate istorico-culturală în procesele civilizatorii.

8.  Ştiinţe sociale, politice şi demografice – suport în dezvoltarea societăţii contemporane.

9. Dreptul naţional şi sistemul judecătoresc racordate la standardele internaţionale.

10. Ştiinţele educaţiei şi psihologia în modernizarea învăţământului naţional.